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修正申告する場合は、申告税額の納税は申告書提出の日までに行なわなければなりません。また、更正や決定の場合は、更正決定通知書が発送された日の翌日から1カ月以内に納税しなければならないことになっています。
修正申告でも、更正処分で追徴課税は本税と付帯税の合計となります。付帯税とは、過少申告加算税、隠蔽や仮装があった場合は重加算税と延滞税といった税金のことです。　
なお、自発的な修正申告の場合には、過少申告加算税が免除されます。
この加算税は、損金にできなぃことになっていますから注意しましょぅ。最近では、重加算税を取ってくる調査官の評価が高くなる傾向があるところから、重加算税を課すケースが多くなっています。調査官がいくつかの指摘を行ない、交渉の中で、他のものには目をつぶるから、これについては重加算税を取らせてくれなどと言うこともあるといいます。
しかし、重加算税が取られるということは、納税意識が低いと見られ、会社の税歴が悪くなります。当然調査頻度が増すことになりかねません。重加算税については絶対に認めない、それなら修正申告しないと対応をするのが賢明です。
ただし、何でもかんでも拒否することはどうかと思われます。状況に応じて実をとるか、名誉を取るのかを検討してみることが大切ではないでしょうか。

税理士法第一条では税理士の使命について次のように定めています。
　「税理士は、税務に関する専門家として、独立した公正な立場において、申告納税制度の理念にそって、納税義務者の信頼にこたえ、租税に関する法令に規定された納税義務の適正な実現を図ることを使命とする」
　つまり、税理士は税務当局に属するのでもなく、納税者が不当な納税を強要されないように、また正しい納税を行なうようにサポートする義務があるのです。もっとも、顧問先が税理士に期待することは、税務調査が入ったときに、調査官に対して信頼できる対応をしてくれる、納税者の代理人として納税者の権利主張をしてくれることなのです。
税務調査において、一般の納税者では、プロである調査官と対等にわたりあうことは困難といえます。ですからこそ、納税者の味方になってくれる税理士を選ぶ必要があります。
すなわち、信頼できるよい税理士というのは、税務調査の際に納税者のために尽力してくれる税理士であり、調査官の指摘に正当な見解で対応してくれて、しかも、できる限り追徴税額徴税額を少なくすることが少なくなるように対策を練ってくれる税理士なのです。調査官の指摘する問題点について、納税者がうまく対応できるように補佐してくれれば、調査を早く終わらせることができますし、当然追徴税額を少なくすることが出来るのです。
このように、税務調査における税理士の返答の仕方や対応いかんで、調査の進行や結果に大きく影響してきますし、日頃から、いつ税務調査が入っても問題ないような記帳や税務処理を行なうようにする役割があります。　　　　　　　　　　　　　　
税理士は事前のシミュレーシにおいても・どのような点が問題として指摘されやすいか、指摘されたらどう対応するのかを指示しておくことも大切です。